O Hospital Municipal São José oferece catorze programas de residência médica e um de residência odontólogica. Todos são credenciados pelo MEC, obedecem à Lei 6.932 de 07/07/1981 e às resoluções emitidas pelo CNRM e são considerados curso de pós-graduação, nível especialização. Atualmente há 93 profissionais em especialização. O programa de residência médica em anestesiologia é o mais antigo do HMSJ e desde 1988 já formou 106 profissionais.
Abaixo os programas de residência médica
• Anestesiologia
• Anestesiologia – Terapia da Dor
• Cirurgia da Coluna
• Cirurgia da Mão
• Cirurgia Geral
• Clínica Médica
• Medicina da Família e Comunidade
• Medicina Intensiva
• Nefrologia
• Neurologia
• Ortopedia e Traumatologia
• Patologia
• Pediatria
• Pediatria – Neonatologia
Residência Odontológica
•Cirurgia e Traumatologia Bucomaxilofacial
